Dans Aquaria, les joueurs incarnent des membres passionnés d'une association d'aquariophiles, tous déterminés à avoir le plus bel aquarium du club. Chaque joueur s'occupe de son propre aquarium, qui abrite différents types de poissons et de plantes aquatiques. Tout au long du jeu, les joueurs achètent de nouveaux poissons, les nourrissent et maintiennent leur aquarium en parfait état. Les joueurs montrent également leurs progrès en aquariophilie en fonction de leur avancée dans l'encyclopédie. Le joueur qui a le plus de points à la fin du jeu remporte la partie.